中国最好学科排名的指标体系由软科开发的学科发展水平动态监控系统内嵌的30余项测量指标所组成，这些指标全部都是高校学科建设部门日常管理中密切关注的关键指标，代表了学科点对本学科稀缺资源的占有情况。软科将这30余项指标划分为10余个指标维度分别计算得分，然后归纳为高端人才、科研项目、成果获奖、学术论文、人才培养5个指标类别，最后汇总得到学科点的总分。中国最好学科排名的指标数据全部来自第三方数据源，经过软科开发的规范化数据清洗和学科归类流程处理后，统一得到各个学科点的各项指标数据。